Les travaux de réalisation d'un îlot de double voie sur la ligne Bâle-Delémont, entamés en 2023, sont en train de s'achever, après 5 mois d'interruption de trafic.
Il en résulte un changement assez important dans la desserte pour le SA 2026, avec un cadencement à la demi-heure stricte des trains Bâle-Bienne (avec arrêt à Laufen, Delémont, Moutier, Grenchen-Nord), et un temps de parcours inchangé (1h09), contre un cadencement horaire auparavant. Un des deux trains poursuit jusqu'à Neuchâtel, Yverdon, Renens et Lausanne chaque heure.
En contrepartie, les S-Bahn S3 de Bâle qui circulaient à la demi-heure de Bâle (et même Olten) jusqu'à Porrentruy sont désormais terminus Laufen. Les trains horaires Bienne-Porrentruy-Delle (et souvent Méroux-Belfort TGV) sont aussi supprimés. A la place circulent des trains à la demi-heure entre Delémont et Porrentruy, prolongés alternativement vers Delle ou Bonfol (Bonfol n'était desservie jusqu'ici qu'en antenne vers Porrentruy), avec alternativement des correspondances de Porrentruy vers Delle ou Bonfol pour assurer un cadencement à la demi-heure de toutes les destinations. Heureux habitants de Bonfol, village bénéficiant d'un train toutes les demi-heures alors que sa population n'atteint pas 1000 habitants.
Méroux-Belfort TGV n'est plus desservie par les liaisons suisses suite aux décisions de la région BFC. Aucun train suisse ne dépasse plus Delle.
Les trains du Jura suisse se rationnalisent donc en se raccourcissant. Il faudra désormais deux changements pour aller de la gare TGV au sud de Delémont.
Malgré tout, une fenêtre subsiste à l'avenir pour une relation transfrontalière cohérente entre Belfort et Delémont, par la prolongation des Delle-Delémont. En effet il y aura une quinzaine d'A/R Belfort-Delle, presque cadencés à l'heure et offrant pour la majorité des trains une correspondance efficace à Delle (5 min). Il n'y aurait plus qu'à fusionner les deux dessertes même si le temps de parcours n'est pas spécialement attractif s'agissant de dessertes omnibus (53 min de Belfort à Porrentruy contre une quarantaine de min max par la route). Bien sûr ce n'est moins que jamais à l'ordre du jour...