S'il y a une logique, ca doit être celle-ci :
-lorsqu'un arrêt est créé, il est aménagé en accessibilité. Ce fut le cas de La Grange du Château sur la 12, mis en service le 5 nov 2001 (de mémoire). Mais ce n'est pas systématique, puisque les arrêts de la 34 prolongée sont seulement "compatibles". Les arrêts de la ligne 35 ont été rendu accessibles après coup. Mais sur le prolongement de la 26, ca s'est vérifié, sur la déviation de la 3 au Fontanil aussi, en mars 2003 sur le prolongement de la 51.
-lorsqu'un réaménagement de voirie est entrepris, on en profite pour rendre accessible les arrêts. Comme par exemple ... je ne trouve pas d'exemples.

Souvent, le réaménagement de voirie se fait justement dans le cadre de la mise en accessibilité.
-et maintenant, on essaie de rendre progressivement le réseau accessible, alors ca passe par la mise en accessibilité de tous (du moins un bonne partie) des arrêts d'une ligne. Ce fut le cas de la 35, puis de la 33, suivie de la 26... maintenant la 41, etc...
Sur la 12, les arrêts Jean Vilar et Salvador Allende dans un sens (de même que Haut Bourg, dans un sens) sont en accessibilité depuis longtemps : 1995 ou 1996. A cette époque, une bonne partie du secteur sud a été rendue accessible : il y a eu aussi les arrêts Alpexpo, F Quesnay, Hopital Sud, Ecole Hospitalières, Le Château, La Rampe, Comboire, La Maritelle, je crois, Auguste Delaune. Je ne sais pas quelle était la logique, du moins pour ceux qui n'étaient pas concernés par la ligne 11.
Il y a des fois des trucs curieux : les arrêts Résidence Berlioz et Porte des Glairons de la ligne 26 ont été rendus accessibles, mais ont été détruits lors des travaux Tram 3, et ce, avant que la ligne 26 n'aie été déclarée accessible. La ligne 3 n'a plus que 1 arrêt et demi non accessible (St Martin le Vinoux et Petite Esplanade direction Rochepleine. Babière est en cours d'aménagement, et je ne compte pas Chanrion qui est provisoire), alors qu'elle voit majoritairement passer des GX187. Encore en 2001, on ne pensait pas encore à Ysis, mais pour ce qui a été fait dans le Fontanil cette année, ca devient absurde si Ysis voit le jour.
Mais bon... l'aménagement des arrêts ne bénéficie pas qu'aux PMR : il permet un meilleur accostage, et est utile aussi aux mal-voyants, et à ceux qui ont des difficultés à se déplacer.